Sejarah PT Kimia Farma Apotek dimulai hampir dua abad yang lalu yaitu tahun 1817 yang kala itu merupakan perusahaan farmasi pertama didirikan Hindia Belanda di Indonesia bernama NV Chemicalien Handle Rathkamp & Co.
Kemudian pada awal kemerdekaan dinasionalisasi oleh pemerintah Republik Indonesia dan seterusnya pada tanggal 16 Agustus 1971 menjadi PT (Persero) Kimia Farma, sebuah perusahaan farmasi negara yang bergerak dalam bidang industri farmasi, distribusi, dan apotek. Sampai dengan tahun 2002, apotek merupakan salah satu kegiatan usaha PT Kimia Farma (Persero) Tbk, yang selanjutnya pada awal tahun 2003 di-spin-off menjadi PT Kimia Farma Apotek.